Acho que o problema é que o mongodb.so depende do json.so. A solução é carregar mongodb.so após json.so.
Acho que você está usando o script Mongo personalizado para Homestead. O script gera o módulo mongodb.so no arquivo php.ini com o resultado de que o mongodb.so é carregado primeiro. Você deve criar um arquivo mongodb.ini onde o mongodb.so é carregado.
Crie o arquivo .ini:/etc/php/7.0/mods-available/mongodb.ini com o conteúdo:
; configuration for php mongo module
; priority=30
extension=mongodb.so
Dê prioridade 30, já que json recebe 20 (nas minhas configurações) para ter certeza de que será carregado posteriormente.
Crie um softlink do arquivo ini para /etc/php/7.0/fpm/conf.d para disponibilizá-lo para o servidor web.
ln -s /etc/php/7.0/mods-available/mongodb.ini 30-mongodb.ini
Recarregue o servidor web e o php-fpm.
sudo service [your webserver] restart && sudo service php7.0-fpm restart
Você terminou! Você pode configurar a versão cli da mesma maneira
