Graças a bertrand, consegui descobrir que a resposta está em '
Projection '. No mongodb é '$ ', no mangusto é select . Aqui está como eu fiz isso funcionar:User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Ele retorna apenas o elemento que corresponde ao id especificado em amigos.