Uma solução seria usar um script de shell que é executado do lado do Nodejs:
mongo <<EOF
use admin
db.auth("superuser", "1234");
use another_db
db.addUser({
user: "test",
pwd: "12345",
roles: ["userAdmin"]
});
exit
EOF
Então, posso usar a seguinte string de conexão:
"mongodb://test:[email protected]:27017/my_db_name"
. Esta solução funciona, mas ainda estou procurando a solução nativa do Mongo.