Eu não sei o formato de URI que você está usando. Mas tive o mesmo problema inicialmente quando tentei conectar meu aplicativo de nó à instância Mongo da AWS.
Usando o longo URI sting com todo o nome do cluster como este
mongoURI = 'mongodb://username:[email protected]:27017,mongo-instance-shard-00-01-a4iv8.mongodb.net:27017,mongo-instance-shard-00-02-a4iv8.mongodb.net:27017/test?ssl=true&replicaSet=mongo-instance-shard-0&authSource=admin&retryWrites=true&w=majority'
Em vez de algo assim:mongodb+srv://server.example.com/
Isso funcionou para mim. Pode te ajudar também.
Além disso, encontrei isso para o link digital do oceano e a documentação do mongo para a string de conexão
