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Recuperar o valor do campo da matriz do subdocumento


Você pode fazer isso com a estrutura de agregação. 
db.repository.aggregate([ 
    { "$match": { 
        "datetime_int": { "$gte": 1451952000 }, 
        "software.adobe.licenses.key" : { "$exists" : true } 
    }}, 
    { "$project": { 
        "hash": 1, 
        "key": { 
            "$map": { 
                "input": "$software.adobe.licenses", 
                "as": "soft", 
                "in": "$$soft.key"
            }
        }
    }}
])

A partir do MongoDB 3.2, você pode projetar diretamente o campo de matriz de subdocumento. 
{ "$project": { "hash": 1, "key": "$software.adobe.licenses.key"}}