O driver está retornando o que o banco de dados possui como um objeto java.util.Date. Ele não sabe nada do fuso horário que o tempo representa. Ele não armazena o fuso horário em nenhum lugar. O Mongo Shell sempre apresenta um valor de tempo como UTC.

Dito isto, se você quiser trabalhar com ele em seu código de aplicativo sempre como UTC, acho que há uma maneira de dizer à biblioteca JODA para fazer isso:Defaulting date time zone para UTC para Jodatime's DateTime