Você está usando a sintaxe json estendida que é inadequada para construir gráficos de objetos em um aplicativo. Em vez disso, você deve construir objetos de tipos apropriados.
Por exemplo, veja aqui para um exemplo Longo.
const BSON = require('bson');
const Long = BSON.Long;
const doc = { long: Long.fromNumber(100) };