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Posso especificar manualmente o tipo BSON no driver NodeJS do mongodb? Estou recebendo erro se eu usar $numberLong


Você está usando a sintaxe json estendida que é inadequada para construir gráficos de objetos em um aplicativo. Em vez disso, você deve construir objetos de tipos apropriados.

Por exemplo, veja aqui para um exemplo Longo.
const BSON = require('bson');
const Long = BSON.Long;

const doc = { long: Long.fromNumber(100) };