Por que vale a pena, minha configuração real é essa, até que eu encontre (ou encontre) algo claramente melhor:
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Então sim, models, views, mas eu faço rotas separadas e implementação de handlers reais. Desacoplamento, injeção de dependência por todo o caminho. Muito mais testável/simulado.