Os modelos já são armazenados em cache pelo Mongoose e você pode usar o mesmo objeto de esquema para vários modelos/coleções. Então, basta criar seu conjunto de modelos uma vez (na inicialização) usando código como:
var mongoose = require('mongoose');
var Schema = mongoose.Schema;
var schema = new Schema({...});
var model1 = mongoose.model('model1', schema);
var model2 = mongoose.model('model2', schema);
Se você não quiser passar o
model1 , model2 instâncias de modelo, você pode procurá-las conforme necessário chamando mongoose.model('model1'); em seus manipuladores. 
