Acho que a melhor maneira é indefinida, pois sugiro não incluir essa chave completamente. O Mongo não funciona como SQL, onde você precisa ter pelo menos null em todas as colunas. Se você não tiver valor, simplesmente não inclua a chave. Então, se você fizer consulta para todos os documentos, onde essa chave não existe, ela funcionará corretamente, caso contrário, não. Além disso, se você não usar a chave, economizará um pouco de espaço em disco. Faça isso é a maneira correta no Mongo.
function deleteEmpty (v) {
if(v==null){
return undefined;
}
return v;
}
var UserSchema = new Schema({
email: { type: String, set: deleteEmpty }
});