Você poderia fazer kludge comprimindo uma das dimensões, mas perderia metade de sua precisão.

Digamos que fossem chaves de 64 bits e você quisesse armazenar três coordenadas de 32 bits:[(x <<32) + y, z]

Caramba, você pode até intercalar três e armazená-lo em uma chave:

xxx

aaaa

zzz

xyzzyzyz