Armazenar o CSV diretamente no MongoDB como uma string seria uma péssima ideia, pois seria impraticável manipular e consultar seus dados nesse formato; portanto, você deseja convertê-lo em documentos JSON (BSON, na verdade) à medida que adiciona para o MongoDB.

Se for uma importação única dos dados CSV para o MongoDB, você poderá usar o mongoimport utilitário para fazer isso. Caso contrário, você precisará fazer a conversão em seu código que lida com os dados de entrada CSV.