Existem basicamente duas abordagens:
- Certifique-se de que o código do seu aplicativo pode lidar com ambas as "versões" da estrutura de dados e, ao salvar, atualizações para a nova estrutura
- Escreva um script de migração
Eu provavelmente escolheria a opção 1, pois é o método que permite atualizar gradualmente, onde, como na opção 2, você basicamente precisa desativar seu aplicativo para poder atualizar o código (rápido) e os dados (possivelmente mais lentos) de uma só vez .
Depois, ou se achar necessário, faça a opção 2 também para migrar seus dados. Isso não precisa derrubar seu site e pode ser executado de forma assíncrona em segundo plano.