A ideia por trás do MongoDB é eliminar (ou pelo menos minimizar) dados relacionais. Você já considerou apenas incorporar os dados de frequência diretamente no registro de cada aluno? Na verdade, esse é o padrão de design preferido para o MongoDB e pode resultar em desempenho e escalabilidade muito melhores.

Se você realmente precisa de dados altamente relacionais e normalizados, convém reconsiderar o uso do MongoDB.