Felizmente mongodump 3.0 está aceitando opções para pular certas coleções.
Isso resolveu meu problema de não ter acesso de administrador ao banco de dados para ajustar as permissões. Lembre-se de que você não criará mais backups completos.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
ou
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system
