Hmm sem muito teste do meu lado, direi que você pode usar
$cmp por esta:http://docs.mongodb.org/manual/reference/aggregation/cmp/#_S_cmp
db.test.aggregate([
{$project: {
// All your other fields here
cmp_value: {$cmp: ['$a', '$b']}
}},
{$match: {cmp_value: {$gt: 0}}}
])
Pode haver uma maneira melhor, mas não tenho uma instalação do MongoDB perto de mim para testar.
