Você precisa obter pares de documentos consecutivos para detectar a lacuna. Para isso, você pode enviar todos os documentos para um único array e zip ele consigo mesmo deslocou 1 elemento da cabeça:
db.collection.aggregate([
{ $sort: { day: 1 } },
{ $group: { _id: null, docs: { $push: "$$ROOT" } } },
{ $project: {
pair: { $zip: {
inputs:[ { $concatArrays: [ [false], "$docs" ] }, "$docs" ]
} }
} },
{ $unwind: "$pair" },
{ $project: {
prev: { $arrayElemAt: [ "$pair", 0 ] },
next: { $arrayElemAt: [ "$pair", 1 ] }
} },
{ $match: {
$expr: { $ne: ["$prev.value", "$next.value"] }
} },
{ $replaceRoot:{ newRoot: "$next" } }
])
O resto é trivial - você desenrola a matriz de volta aos documentos, compara os pares, filtra os iguais e replaceRoot do que restou.
