Não há um recurso específico para isso. Uma coisa que você pode fazer é executar parte desse código no shell do mongo, que pode executar exatamente o mesmo javascript que o servidor. O shell não possui um depurador, mas com seu prompt interativo seria muito mais fácil tentar coisas, inspecionar variáveis, etc.

Pessoalmente, eu não recomendaria necessariamente mover o código para o servidor. Observe que é possível enviar várias operações de gravação (como inserções) seguidas e, depois de enviar várias, solicitar uma única confirmação. Assim, esse cenário não é necessariamente lento, mesmo que haja alguma latência de rede não trivial.

Alternativamente, você pode executar o código C# no mesmo servidor que o processo mongod e, assim, obter uma latência extremamente baixa nos retornos de solicitações. Uma maneira de fazer isso seria criar um servidor Web escrito em C# e encapsular a lógica sugerida acima.