MongoDB
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$unset está vazio. Você deve especificar um campo assim:{$unset:{:...}}


Não consegui reproduzir essa mensagem de erro, mas como você viu, o Mongoose atualizará apenas os campos definidos no esquema. No entanto, você pode substituir esse comportamento padrão incluindo o strict: false opção:
groupsModel.update(
    {_id: group._id},
    {$unset: {"moderators": ""}, $set:{"admins": newAdmins}},
    {strict: false}
)