Não consegui reproduzir essa mensagem de erro, mas como você viu, o Mongoose atualizará apenas os campos definidos no esquema. No entanto, você pode substituir esse comportamento padrão incluindo o
strict: false
opção:groupsModel.update(
{_id: group._id},
{$unset: {"moderators": ""}, $set:{"admins": newAdmins}},
{strict: false}
)