Talvez seu cursor tenha expirado no servidor. Para ver se este é o problema, tente definir timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Consulte http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Se for um problema de tempo limite, uma solução possível é definir o
batch_size (s. outras respostas). 
