Para atualizar um elemento em um campo de array, você pode usar o operador posicional $
Por exemplo, o seguinte js incrementa c de 3 para 4 para _id 341445:
db.collection.update({a:1, "b._id":341445} , {$inc:{"b.$.c":1}})
db.collection.update({a:1, "b._id":341445} , {$inc:{"b.$.c":1}})
