MongoDB
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$in requer uma matriz como segundo argumento, encontrado:ausente


Primeira opção --> Usar agregação

Porque alguns dos documentos em sua coleção podem ou não conter permissions campo ou o tipo não é igual ao array, é por isso que você está recebendo esse erro.

Você pode encontrar o $type do campo e se não for um array ou não existir no seu documento, você pode adicioná-lo como um array com $addFields e $cond agregação
db.collection.aggregate([
  { "$addFields": {
    "permissions": {
      "$cond": {
        "if": {
          "$ne": [ { "$type": "$permissions" }, "array" ]
        },
        "then": [],
        "else": "$permissions"
      }
    }
  }},
  { "$project": {
    "filteredChildren": {
      "$filter": {
        "input": "$moduleChildren",
        "as": "moduleChild",
        "cond": {
          "$in": [ "$$moduleChild._id", "$permissions" ]
        }
      }
    }
  }}
])

Segunda opção -->

Vá para o seu shell mongo ou robomongo em qualquer GUI que você esteja usando e execute este comando
db.collection.update(
  { "permissions": { "$ne": { "$type": "array" } } },
  { "$set": { "permissions": [] } },
  { "multi": true }
)