Tomando um palpite aqui enquanto espero uma resposta ao comentário, geralmente quando um pacote é executado bem no BIDS, mas não funciona na linha de comando, acho que está relacionado à incompatibilidade de 64/32 bits.
Você está usando Excel, Access ou qualquer outra coisa que sob as folhas usa o driver JET? Isso só funciona no modo de 32 bits.
Em um sistema operacional de 64 bits, por padrão, ao criar uma nova conexão ODBC, você a criará no namespace de 64 bits que a versão de 32 bits não poderá acessar?
Você está usando drivers Informix ou UDB/DB2? Eu só encontrei 32 versões desses.
Executando um pacote a partir da linha de comando
dtexec é o mecanismo de linha de comando para executar um pacote SSIS. Ele vem em 2 sabores para SO de 64 bits, ambos são nomeados
dtexec
e geralmente os 32 bits são referenciados na variável de ambiente Windows Path Em um SO de 64 bits, o caminho padrão para o de 64 bits seria
"c:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe"
Ainda no SO de 64 bits, o caminho para a versão 32 seria
"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe"
Para executar um pacote chamado FooBar.dtsx que reside em C:\Src\MyProject\MyProject, a invocação seria
"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe" /file C:\Src\MyProject\MyProject\FooBar.dtsx
Se esse pacote residir no SQL Server (DEVSQL01) na pasta MyProject, esta seria a chamada para executar o mesmo pacote.
"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe" /SQL \MyProject\FooBar /SERVER DEVSQL01
Editar
Para aplicar uma configuração, você precisa especificar o
/CONF
opção "c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe" /file C:\Src\MyProject\MyProject\FooBar.dtsx /CONF C:\FooBar.dtsConfig
Olhando para os seus comentários, a única diferença entre o nosso uso é que você colocou tudo entre aspas duplas. Experimente sem a citação anterior e final.