Eu diria que sua 2ª opção está próxima, apenas alguns pontos:

Cliente, Distribuidor, Fornecedor são TIPOS de organizações, então eu sugiro:

1. 
   Tabela [Organização] que possui todas as colunas comuns a todas as organizações e uma chave primária para a linha.
   
2. 
   Separe as tabelas [Fornecedor], [Cliente], [Distribuidor] com colunas específicas para cada um e FK para a linha [Organização] PK.
   

Parece uma "relação supertipo/subtipo".