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PHP MYSQL PDO -> Fatal Error 23000 mesmo que um procedimento especial esteja em vigor


(Atualizando para uma resposta )

Parece este bug , que ainda está aberto depois de quase cinco anos; tente em vez disso:
while (true) {
  try {
    $row = $qry_bat->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
    if (!$row) break;
    $ins_db->execute(array(...));
    $newOnes++;
  }
  catch (PDOException $e) {
    if ($e->getCode() != 23000) {
      echo '<span class="msg-alert">'.$e->getMessage().'</span>';
    } else {
      $doublons++;
    }
  }
}