A maneira mais simples de fazer isso no MySQL é criar uma tabela chamada
months
que lista todos os meses em que você está interessado e use um LEFT JOIN em sua tabela. SELECT
YEAR(time) AS year
MONTH(time) AS month,
COUNT(myTable.year) AS cnt,
FROM months
LEFT JOIN myTable
ON months.year = myTable.year
AND months.month = myTable.month
GROUP BY months.year, months.month
ORDER BY months.year, months.month
No entanto, como isso é principalmente um problema de apresentação, geralmente é mais fácil executar a consulta como você já está fazendo e transformar o resultado no cliente (por exemplo, PHP).