Você pode juntar as duas tabelas em seu
UPDATE
consulta (leia sobre isso na documentação
):UPDATE `Table 1` t1
JOIN `Table 2` t2 ON t1.ID = t2.ID
SET t1.endtime = t2.starttime
UPDATE
consulta (leia sobre isso na documentação
):UPDATE `Table 1` t1
JOIN `Table 2` t2 ON t1.ID = t2.ID
SET t1.endtime = t2.starttime