Solução:

Para aqueles que enfrentaram o mesmo problema - aqui está o que eu encontrei. Eu executei show variables like 'datadir' e descobri que meus arquivos de dados estão armazenados em uma pasta diferente:C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\data\

e eu estava substituindo arquivos na pasta C:\Program Files... inicialmente. Havia também os arquivos necessários presentes.

Então, finalmente, tudo correu bem.