Você pode zerar o contador com:
ALTER TABLE tablename AUTO_INCREMENT = 1
Para InnoDB você não pode definir o
auto_increment valor menor ou igual ao índice de corrente mais alto. (citação de ViralPatel
):
Observe que você não pode redefinir o contador para um valor menor ou igual a qualquer um que já tenha sido usado. Para MyISAM, se o valor for menor ou igual ao valor máximo atualmente na coluna AUTO_INCREMENT, o valor será redefinido para o máximo atual mais um. Para InnoDB, se o valor for menor que o valor máximo atual na coluna, nenhum erro ocorrerá e o valor da sequência atual não será alterado.
Veja Como posso redefinir um MySQL AutoIncrement usando um valor MAX de outra tabela? sobre como obter dinamicamente um valor aceitável.
