SELECT pontuação FROM tbl WHERE id =xUNIONSELECT pontuação FROM tbl WHERE id =y

ORDER POR pontuação DESC;

basta adicionar o pedido até o final. ele será aplicado a todo o conjunto de resultados. Se você quiser diferenciar o resultado, adicione um col de ordem assim:

SELECT 1 como order_col, pontuação FROM tbl WHERE id =xUNIONSELECT 2 como order_col, pontuação FROM tbl WHERE id =y

ORDER BY order_col ,pontuar DESC;