Colunas da tabela de configurações -:setting_id | configuração_código | nome_configuração | configuração_descrição

Colunas da tabela de usuário -:user_id | nome_do_usuário | user_password | etc.

Colunas da tabela de configurações do usuário -:user_setting_id | user_id_fk | configuração_código_fk | valor_configuração

estrutura assim:

Usuários --> Configurações do Usuário <---- Configurações

Espero que isto ajude.