Parece que você está substituindo o primeiro valor após a segunda substituição. Espero encadear o
.replace funciona:@event.listens_for(Table, "column_reflect")
def reflect_col(inspector, table, column_info):
column_info['key'] = column_info['name'].replace(' ', '_').replace('1st_time', 'secondcheck')
[EDITAR]: Você também deve certificar-se de que as alterações não colidirão.
Como neste exemplo a primeira alteração substitui espaços por sublinhado, você precisa adaptar a segunda substituição, pois já é chamada de
1st_time quando a segunda substituição é chamada. 
