MySQL Encontre diferenças nos níveis de estoque entre duas tabelas e retorne o resultado

select y.StockNumber, t.StockLevel - y.StockLevel from yesterday as y inner join today as t on (y.StockNumber = t.StockNumber)

editar:

para capturar produtos na tabela hoje que não estavam na tabela ontem:

select y.StockNumber, t.StockLevel - coalesce(y.StockLevel,0) from yesterday as y right join today as t on (y.StockNumber = t.StockNumber)

A coalescência garante que, se você tiver um produto que não esteja em yesterday , você obterá t.StockLevel - 0 em vez de t.StockLevel - NULL