Comece com sua tabela de datas e LEFT JOIN para sua tabela ipport, para que você obtenha todas as linhas da tabela de datas combinadas com as linhas correspondentes na tabela ipport.
SELECT m.date, FROM_UNIXTIME(i.time, '%Y-%m-%d'),`time`,`protocal`,(`octet`/1024) as `octet10243`,`percent`,`div`,FROM_UNIXTIME(`time`, '%Y-%m-%d') as `newtime3`
FROM makeupdate m
LEFT JOIN ipport i
on m.date = FROM_UNIXTIME(ipport.time, '%Y-%m-%d')
AND (`protocal` = 'Echo' )
AND `div` = 'XDIV'
WHERE m.date >= '2011-01-05' AND m.date <= '2011-01-08'
