Você pode usar
FIND_IN_SET
:SELECT seat
FROM sub_table AS t1
WHERE EXISTS (SELECT 1
FROM main_table AS t2
WHERE FIND_IN_SET(t1.seat_id, t2.seat_id) <> 0)
No entanto, sugiro normalizar a tabela
main_table
, pois é sempre uma má ideia armazenar valores separados por vírgulas em um único campo como você faz. Demonstração aqui