Mysql
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campo separado por vírgula para comparar no mysql


Você pode usar FIND_IN_SET :
SELECT seat
FROM sub_table AS t1
WHERE EXISTS (SELECT 1
              FROM main_table AS t2
              WHERE FIND_IN_SET(t1.seat_id, t2.seat_id) <> 0)

No entanto, sugiro normalizar a tabela main_table , pois é sempre uma má ideia armazenar valores separados por vírgulas em um único campo como você faz.

Demonstração aqui