Esta é a única solução que encontrei para manter a ordem. Use uma expressão mesmo que esse campo exista ou não. Dessa forma, a ordem é a que você esperaria:
if (TRUE) {
// To keep the order of the fields we have to use this hacky way.
// Use a function that will not modify the string
$query->addExpression("IFNULL(table_name.field_name, '')", 'field_name_alias');
} else {
$query->addExpression(':field', 'field_name_alias', array(':field' => NULL));
}