A pergunta é antiga, mas pode ser útil para alguém.
Se loadClassMetada for chamado a cada vez, parece que há um problema no seu código. Mas, suponho, que os metadados sejam armazenados em cache pela doutrina. Nesse caso, você pode alterá-lo diretamente, observe o seguinte trecho de código, deve funcionar:
<?php
class FooController extends Controller {
function fooAction() {
$em = $this->getDoctrine()->getEntityManager();
$cm = $em->getClassMetadata('FooBundle:FooEntity');
$cm->setTableName('special_table_name');
$repo = $em->getRepository('FooBundle:FooEntity');
$entities = $repo->createQueryBuilder('f')
->setMaxResults(1)
->orderBy('f.id', 'desc')
->getQuery()
->getResult();
return new Response('');
}
}