substitua esta seção:
$result=array();
while($row=mysqli_fetch_array($res)){
array_push($result,array('id'=>$row[0],'timeIn'=>$row[1],'timeOut'=>$row[2]));
}
echo (json_encode(array("result"=>$result)));
com:
echo json_encode($res);
você cria muitos arrays, quando você faz push in while loop você empurra array em $result array, então quando você echo você coloca todos os resultados em outro array. e isso é mais complexo.
