Há uma bela apresentação de Max De Marzi, sobre ETL no Neo4j.

Veja:http://www.slideshare.net/maxdemarzi/etl-into-neo4j

Depende de qual idioma você deseja usar, muitas opções de java incorporadas via jruby e remotamente via ruby, php, python.

Você gostaria de agrupar suas solicitações em transações de tamanho apropriado (por exemplo, 10 mil itens por tx).

É possível importar arquivos CSV diretamente para um arquivo de banco de dados usando o batch-importer ou por meio da API REST DE LOTE do Servidor Neo4j.