Isso deve funcionar:
$statement = "UPDATE mytable
SET key = CASE id
WHEN 1 THEN 'key'
WHEN 2 THEN 'another_key'
WHEN 3 THEN 'some_key'
END,
value = CASE id
WHEN 1 THEN 15
WHEN 2 THEN 25
WHEN 3 THEN 45
END
WHERE id IN (1, 2, 3)
");
DB::statement($statement);
Basta pensar em como criar a consulta correta. Se for o painel de administração ou algo que não será executado com muita frequência, eu usaria apenas a iteração para manter as coisas simples.