Você pode simplesmente usar o
> (maior que) operador de comparação ou o != (não é igual) operador de comparação assim WHERE `date_field` != '0000-00-00 00:00:00'
O exemplo obterá todas as linhas em que sua data não for igual a esse valor.
> (maior que) operador de comparação ou o != (não é igual) operador de comparação assim WHERE `date_field` != '0000-00-00 00:00:00'