Sim, você pode modificar uma CHAVE PRIMÁRIA usando pt-online-schema-change. Aqui está como pt-online-schema-change funciona:
- Adquira um breve bloqueio de metadados em origA
- Adicionar acionadores no origA
- Crie uma nova tabela exatamente como origA, newA
- Aplique a instrução ALTER a newA.
- Copie as linhas de origA para newA.
- Quando terminar, renomeie origA para oldA, renomeie newA para origA.
- Largar antigoA
Em nenhum momento nenhuma tabela está faltando uma CHAVE PRIMÁRIA. Não há necessidade de adicionar uma chave ÚNICA. Tudo o que você precisa executar é o nº 2 em seu conjunto e isso fará isso.