Você pode escapar dos caracteres de cifrão usando uma barra invertida:
$ mysql -uhomestead -p'secret' foobarDB -e "UPDATE users SET
password='\$2y\$10\$vmBPs',email='[email protected]' WHERE id = 1;"
$ mysql -uhomestead -p'secret' foobarDB -e "UPDATE users SET
password='\$2y\$10\$vmBPs',email='[email protected]' WHERE id = 1;"