Não vejo outra maneira senão usar instruções SQL como CREATE TABLE , ALTER TABLE e DROP TABLE . Você pode querer colocar em algum lugar um número de versão do esquema para verificar quais atualizações seu script auxiliar deve executar para atualizar o esquema do banco de dados. Isso provavelmente é mais fácil do que tornar as instruções SQL idempotentes, pois muitas vezes você também precisa fazer alguma conversão de dados.