Eu analisaria o arquivo XML de seu servidor usando algo como simpleXML .

Eu acho que os arquivos XML têm elementos que são basicamente os mesmos com outros valores? Nesse caso, você desejará criar um PreparedStatement e vincular novos parâmetros para cada entrada. Esta é a maneira mais eficiente de fazer isso.

Mas se você se preocupa principalmente com o desempenho, o PHP não é o caminho a seguir. Você pode usar Java (por exemplo) para analisar o arquivo XML e gravar as entradas em seu banco de dados. Com qual idioma você acessa o banco de dados preenchido não importa.