Em geral, é um incômodo atualizar as chaves primárias em um banco de dados, pois isso geralmente define uma cadeia de atualizações por meio de todas as tabelas que fazem referência a essa chave primária. Muitos mecanismos permitem que você force essa atualização automaticamente usando a opção CASCADE, mas ainda resulta em muitas atualizações desnecessárias do banco de dados.
O uso normal de chaves primárias inteiras com incremento automático é como valores permanentes, sem sentido e imutáveis.
Dito isso, se você realmente deseja atualizar essas chaves, você pode fazê-lo com o comando
UPDATE YourTable SET id = id - 1 WHERE id > (value you deleted)
Como alternativa, você pode manter uma segunda coluna inteira, não a chave primária da tabela, e atualizar essa coluna após cada exclusão.