Outra maneira de fazer isso (não testado, então me avise se explodir):
SELECT emp.id, IF(emp.statue=1, c.sumCome, 0) AS sumCome, l.sumLeave
FROM emp
LEFT JOIN (SELECT uid, SUM(money) AS sumCome
FROM come
GROUP BY uid
) c ON emp.id = c.uid
LEFT JOIN (SELECT uid, SUM(money) AS sumLeave
FROM leave
GROUP BY uid
) l ON emp.id = l.uid
Não sei qual será mais rápido comparado ao de Kevin. Você pode querer
explain
os dois e veja.