Não sei se sair do hibernate na frente faz a diferença.

A referência sugere que deve ser hibernate.hbm2ddl.auto

Um valor de create criará suas tabelas na criação da sessionFactory e as deixará intactas.

Um valor de create-drop irá criar suas tabelas e, em seguida, eliminá-las quando você fechar a sessionFactory.

Talvez você deva definir o javax.persistence.Table anotação explicitamente?

Espero que isto ajude.