Como classificar esta consulta MySQL

Acho que você quer:

SELECT CONCAT(
    GROUP_CONCAT(
        'SELECT ''', COLUMN_NAME,''' MyColumns, SUM(`', COLUMN_NAME,'`) Total FROM mydb.source_table' 
        SEPARATOR '\n UNION ALL \n'
    ),
    '\nORDER BY Total DESC'
)
INTO @sql
FROM  INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
WHERE 
    TABLE_SCHEMA = 'mydb' 
    AND TABLE_NAME   = 'source_table'
    AND COLUMN_NAME NOT IN ('ID', 'Name');

Justificativa:o ORDER BY cláusula deve ir depois todos UNION ALL subconsultas - portanto, precisa estar fora do GROUP_CONCAT() , em um CONCAT() externo .

Observe também que você não precisa de CONCAT() dentro GROUP_CONCAT() :O MySQL já faz isso por padrão.