Django não especifica charset e collation em CREATE TABLE declarações. Tudo é determinado pelo conjunto de caracteres do banco de dados. Fazendo ALTER DATABASE ... CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci antes de executar syncdb deve ajudar.

Para conexão, o Django emite SET NAMES utf8 automaticamente, para que você não precise se preocupar com as configurações padrão do conjunto de caracteres de conexão.